Pada awal 1930-an, Aqçoqraqlı mula dikekang oleh pihak berkuasa Soviet atas tuduhan "nasionalisme", menyebabkan beliau dipecat dari Institut Pedagogi Tatar Crimea pada 1934. Selepas dipecat, beliau mengajar geografi pada satu tempoh di sekolah Komsomol sebelum berpindah bersama kakaknya di Baku.[3] Walau bagaimanapun, masanya di Baku tidak lama; pada 5 April 1937, beliau telah ditangkap oleh NKVD, dan didakwa dengan "penyertaan dalam organisasi kontrarevolusioner nasionalis," (dinyatakan sebagai parti Tatar Crimea, Milliy Firqa) serta pengintipan. Beliau dihadapkan ke perbicaraan tunjukan yang dikendalikan oleh Kolegium Tentera Mahkamah Agung Kesatuan Soviet. Pada 17 April 1938, beliau didapati bersalah dan dijatuhi hukuman mati tembak pada hari yang sama.[7]